풀 메탈 패닉! 인비저블 빅토리

이야기는 한 소녀의 도주 장면에서 시작된다. 적의 군용 헬기에서 그 소녀를 구한 것은 평화유지 활동을 하고 있는 비밀 조직 '미스릴'소속 중사 사가라 소스케.