포켓몬스터 뮤츠 각성의 서장

포켓몬 구조대의 버질은 산악 구조의 임무를 끝내고 기지로 돌아가는 도중, 어느 산에 긴급 착륙을 하게 된다. 거기에서 만난 소녀 안나와 노인 오스카로 부터 본 적이 없는 포켓몬에게 도움을 받았던 경험을 듣게 된다. 그리고 그 포켓몬은 바로 ‘뮤츠’였다. 갑자기 수수께끼의 남자 덩크가 말을 걸어와 지난 밤 자신도 뮤츠에게 도움을 받았고 그 때 뮤츠도 큰 상처를 받았다고 말한다. 버질은 곧바로 뮤츠를 구조하러 나서는데, 인간에게 만들어졌다고 하는 뮤츠는 인간을 신용하지 않는다고 한다. 그래서 버질은 이브이팀과, 안나는 숲에 사는 포켓몬들에게 도움을 요청해 뮤츠를 찾기로 한다! 그러나 거기에는 포켓몬의 뒤를 쫓는 수상한 카메라와 수상하게 웃는 덩크의 모습이 있었는데… 과연 덩크의 목적은? 계속해서 밝혀지는 뮤츠의 과거! 그리고 드디어 각성한 뮤츠의 장렬한 배틀의 막이 열린다!!