초시공요새 마크로스

서기 1999년. 우주로부터 거대한 물체가 태평양의 섬 남 아타리아에 추락한다. 길이 1,200m를 넘는 우주전함이었다. 이것에 의해 외계인들과 그들이 전쟁 중이라는 사실을 알게된 인류는 언젠가 있을 침략에 대비해 지구 통합 정부를 설립하고, 추락물을 개수해 '마크로스'라고 이름 붙인다. 그로부터 10년 후인 2009년. 마크로스 진수식의 날, 지구에 외계인 젠트라디의 군대가 나타나 남 아타리아섬을 습격한다. 마크로스는 적의 습격을 회피하기 위해 폴드 항법으로 달 뒷면에 워프하려 하지만 제어계통의 문제로 명왕성 궤도에 도착해버리고 만다. 설상가상으로 폴드 시스템마저 망가져 지구까지의 먼 거리를 이동해야 하는 상황에 놓인다. 이 사건으로 마크로스에 탑승하게 된 곡예비행사 이치조 히카루는 전투중에 만난 소녀 린 민메이를 지키기 위해 군에 입대한다. 린 민메이는 미스 마크로스에 뽑히면서 아이돌 가수로 부상하게 되고 둘의 관계는 점점 소원해진다. 그리고 히카루는 자신의 상사인 하야미 미사의 존재가 신경쓰이게 되는데...