창궁의 파프너

모든 것이 평화로운 타츠미야 섬. 마카베 카즈키를 비롯한 아이들은 7년 전 어린 시절 어느날, "당신은 거기에 있습니까?"라고 묻는 음성 신호를 받게 된다. 그 음성 신호의 의미가 무엇인지 몰랐던 아이들은 "네, 여기 있습니다"라고 대답해버리고 만다. 한편 그 이후 7년이 지나고 마카베 카즈키를 비롯한 아이들은 소년소녀가 되고, 평화로운 일상을 보내고 있었다. 그러나 갑자기 미지의 적 페스툼이 쳐들어오고 이들의 공격 속에서 마카베 카즈키의 눈에 비치는 것은 거인 파프너. 카즈키는 살기 위해 파프너에 탑승하고, 그 순간부터 평화로운 일상을 보낼 예정이었던 소년은 지옥과도 같은 전쟁에 뛰어들게 되는데.......