시도니아의 기사

소통이 불가능한 정체불명의 외우주 생명체 가우나에 의해 파괴된 태양계. 겨우 살아남은 최후의 인류는 소행성을 선체로 한 거대한 우주선 시도니아를 타고 우주를 떠다니며 번식하고 살아가는 것을 선택한다. 그렇게 약 1000년의 시간이 흐른 시도니아 출항 기원 1009년. 최하층부에서 남몰래 키워지고 있었던 소년 ′타니카제 나가테′는 자신을 키워준 할아버지가 죽자 처음 거리로 나가게 된다. 나가테는 인간형 거대 유인 메카닉 모리토 조종사 훈련학교에 입학하게 되고 그곳에서 처음 할아버지 이외의 다른 사람과 만나게 된다. 나가테가 처음 이성으로서 의식하게 되는 소녀 - 호시지로 시즈카.나가테와 처음 친구가 된 남자도 여자도 아닌 사람 - 시나토세 이자나. 나가테의 활약에 초조함의 느끼는 소년 - 쿠나토 노리오. 여러 훈련생들과 함께 학교생활을 하던 중, 나가테 일행에게 첫 임무가 주어진다. 크게 어렵지 않은 임무였던 첫 임무. 하지만, 나가테 일행 앞에 갑자기 가우나가 나타난다. 100년만에 다시 모습을 나타낸 위협과 마주하게 된 인류는 그리고 나가테는 어떤 선택을 하게 될 것인가? 그렇게 인류의 존망을 건 싸움이 지금 시작된다.