시즌12는 깁스와 맥기가 탄 비행기가 러시아 상공에서 폭파되면서 시작된다. 이후 한 과학자가 참수된 채 발견되고, 네이비실 대원의 부인이 살해되며, 미국 출신 테러리스트가 추적당하는 등 여러 사건이 일어난다.