시즌 11에서 NCIS 팀은 해군과 관련된 사망자를 낳은 폭발 사건의 여파를 겪게 된다. 토니는 실종된 지바를 찾아 이스라엘로 떠나고, 깁스와 맥기는 살인 사건을 해결하기 위해 아프가니스탄으로 간다. 새로운 분석가 엘리너 ′′엘리′′ 비숍이 팀에 합류하여 2년 전 예견했던 사건을 해결하는 데 도움을 주게 된다.