NCIS 뉴올리언스는 음악과 향락, 퇴폐로 유명한 여유로운 도시 뉴올리언스를 배경으로 군대와 관련된 범죄를 조사하는 수사대의 이야기다. 팀의 리더인 특수 요원 드웨인 프라이드의 별명은 ′킹′으로, 뉴올리언스 출신이고 옳은 일을 하려는 본능에 따라 움직인다. 특수 요원 크리스토퍼 라살은 놀 때는 열심히 놀고 일할 때는 더 열심히 하는 성격이고, 특수 요원 메레디스 ′메리′ 브로디는 카리스마 있고 강인한 심문관으로 그레이트레이크에서 뉴올리언스로 옮겨 와 새로운 시작을 모색한다. 이들을 돕는 검시관 로레타 웨이드 박사는 독특하지만 똑똑하다. 어두운 면을 품고 있는 다채로운 도시가 휴가 중인 군인들을 자석처럼 끌어들이고, 군인들의 방종이 문제로 불거지면 프라이드의 팀이 실력을 발휘한다.