썬더일레븐 2기

축구 프런티어 전국 대회에서 우승한 천둥 축구부는 기쁜 소식을 친구들에게 알리기 위해 학교로 향한다. 그러나 그들을 맞이한 건 처참하게 붕괴된 천둥 중학교였다. 학교를 부순 장본인은 에일리아라는 별에서 온 외계인들. 그들은 각 학교의 축구부마다 찾아가 자신들을 이기지 못할 경우, 지구에서 인간들을 없애버리겠다고 선포하는데……. 가공할 만한 위력의 축구로 학교들을 초토화 시키는 에일리아 학교의 행패에 맞서서 다시 일어난 천둥 축구부. 수호와 친구들은 에일리아 학교의 초차원 축구의 벽을 넘을 수 있을 것인가? 그리고 지구의 축구를 위협하는 에일리아 학교의 정체는?