커크 함장은 칸을 물리쳤지만 승리는 공허할 뿐이다. 스팍는 목숨을 잃었고 맥코이는 제정신을 잃었다. 스팍의 아버지 사렉의 방문으로 놀라운 사실이 밝혀진다. 맥코이에게 스팍의 영혼이 깃들어 있었던 것이다. 커크는 동료들을 돕기 위해 U.S.S. 엔터프라이즈호를 훔쳐서 스타플릿의 행성 격리를 어기고 불법 출항시킨다. 한편 클링온도 제네시스의 존재에 대해 알게 되고 커크와 위험한 조우를 하는데…