인간들 틈에 섞여 살던 최후의 다섯 사일런이 모습을 드러내고 사일런과 인간의 경계가 차츰차츰 허물어진다. 분열된 사일런, 분열된 인간들 그리고 그 안에서 새로운 동맹이 맺어지고, 사일런 반란군과 손을 잡게 된 인간 세력이 반란을 일으키면서 아다마 제독은 위기에 빠진다. 리 또한 정치인으로 발돋움하면서 로라 로슬린 대통령과 끝없이 갈등을 빚는다. 그사이 생존의 열쇠를 쥔 헤라를 둔 치열한 쟁탈전 끝에 사일런은 결국 헤라를 납치해 간다. 그리고 퇴역을 앞둔 갤럭티카는 최후의 구출 작전을 계획한다.