시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처한다. 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖는다. 오라클의 예언대로 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻은 시온의 시민들. 네오에게 모든 희망과 기대를 건다.