싸움을 좋아하는 소년 최건우 앞에 어느 날 공룡 모습을 한 이상한 생물체 아구몬이 나타난다. 둘은 주먹 싸움을 벌이면서 의기투합하여 절친한 사이가 된다. 그러나 아구몬은 이세계인 디지털 월드에서 온 몬스터로 디지몬 관련 사건을 조사하는 DATS(Digital Tactics Squad)로부터 추적을 받는 디지몬이었다.