비밀 정보기관의 전문 킬러 니키타는 어느 날 사랑하는 사람이 생기자, 자신의 처지에 대한 고민과 죄책감으로 방황하기 시작한다. 한편, 니키타의 변화를 감지한 조직은 그에게 최후의 임무를 지시한다.