결정지어진 운명인가, 싸워나갈 자유인가! 유전자 조작으로 뛰어난 신체 능력과 두뇌를 갖춘 ‘코디네이터’와 자연 그대로 태어난 인류 ‘내츄럴’이 여전히 서로를 증오하는 시대. 엇갈린 이념과 충돌로 인해 끊임없이 전쟁은 지속된다. 사태를 진정시키고자 ‘라크스’를 초대 총재로 한 세계평화감시기구 ‘컴퍼스’가 창설되고, ‘키라’와 부대원들은 ‘컴퍼스'의 일원이 되어 각지에서 벌어지는 전투에 참여한다. 하지만 신흥국 '파운데이션'이 반코디네이터 조직인 ‘블루 코스모스’ 공격을 제안하면서 우주는 또 다른 불길에 휩싸이게 되는데...