어느 날 ‘짱구’와 동갑내기인 5살 ‘진구’를 데리고, 짱구 가족을 찾아온 수상한 여성. 서로의 아이가 바뀌었다는 충격적인 소식을 전한다. 하루아침에 닌자 가문의 후계자 ‘진구’로 불리게 된 짱구는 ‘부리부리 엉덩이 분신술’로 닌자 유치원을 초토화시킨다. 한편, 떡잎마을에 남겨진 진구와 짱구 가족은 짱구를 찾으러 닌자 마을로 향하고, 세상의 중심인 ‘지구의 배꼽’이 흔들리기 시작하며, 지구가 붕괴될 위기에 처하는데… 과연 짱구는 세상을 지켜낼 수 있을까?!